Цель. Сравнение трехмерной наноструктуры пористых биосовместимых матриксов из фиброина шелка Bombyx mori и рекомбинантного спидроина rS1/9. Материалы и методы. Трехмерные пористые матриксы были получены методом выщелачивания. При сравнении биологических свойств показано, что адгезия и пролиферация мышиных фибробластов на двух видах матриксов различались незначительно. В сравнительных экспериментах in vivo показано, что регенерация костной ткани у крыс происходит быстрее при имплантации матриксов из рекомбинантного спидроина. С целью объяснения более высокой регенеративной активности матриксов из спидроина с помощью сканирующей зондовой нанотомографии была исследована трехмерная наноструктура матриксов, а также сообщаемость нанопор внутри матриксов. Результаты. Были обнаружены существенные отличия в плотности и объеме нанопор: в матриксах из rS1/9 интегральная плотность нанопор, зафиксированная в двухмерном атомно-силовом изображении, составляла 46 мкм–2, а степень пористости – 24%; в трехмерных структурах из фиброина шелка плотность нанопор и степень пористости были 2,4 мкм–2  и 0,5% соответственно. Трехмерная реконструкция системы нанопор и образованных ими кластеров в матриксах из rS1/9 показала, что объемная доля взаимосвязанных пор в перколяционных кластерах равна 35,3% от всего объема пор, что составляет 8,4% от общего объема матрикса. Выводы. Метод сканирующей зондовой нанотомографии позволяет получить уникальную информацию о топологии систем нанопор искусственных биоконструкций. При сравнительном анализе наноструктуры искусственных матриксов из регенерированного шелка и рекомбинантного спидроина, полученных методом выщелачивания, показано, что скэффолды из спидроина имеют более высокую интегральную плотность нанопор, степень пористости и объемную долю взаимосвязанных пор.